La mission de l'Ordre des médecins est expressément définie par l'article L. 4121-2 du code de la santé publique
"L'Ordre des Médecins veille au maintien des principes de moralité, de probité, de compétence et de dévouement indispensables à l'exercice de la médecine et à l'observation, par tous ses membres, des devoirs professionnels ainsi que des règles édictées par le Code de Déontologie prévu à l'Article L. 4127-1 du présent titre.
"Il assure la défense de l'honneur et de l'indépendance de la profession médicale.
"Il peut organiser toutes oeuvres d'entraide et de retraite au bénéfice de ses membres et de leurs ayants droit.
"Il accomplit sa mission par l'intermédiaire des Conseils départementaux, des Conseils régionaux et duConseil National de l'Ordre "
Le Conseil départemental exerce, dans le cadre départemental et sous le contrôle du Conseil National, les attributions générales de l'Ordre définies à l'article L. 4121-2 du code de la santé publique.
A l'échelon local, le Conseil départemental est l'interlocuteur des pouvoirs publics (administration préfectorale, magistrats), des organismes de protection sociale et de la Délégation Territoriale Départementale de l'Agence Régionale de Santé.
Il dispose de son propre fonds d'entraide pour aider les médecins en difficulté et leurs familles.
Il joue un rôle de conseil auprès des médecins.
Au delà de ce rôle de conseil et de cette fonction de représentation, le Conseil départemental dispose aussi d'un pouvoir administratif.
Il assure le respect des lois et règlements qui régissent l'Ordre et l'exercice de la profession.
Il autorise le président de l’ordre à ester en justice, à gérer les biens de l'Ordre : à accepter tous dons et legs à l'ordre, à transiger ou compromettre, à consentir toutes aliénations ou hypothèques et à contracter tous emprunts.
En aucun cas, il n'a à connaître des actes, des attitudes, des opinions politiques ou religieuses des membres de l'Ordre.
Il peut créer avec les autres conseils départementaux de l'Ordre et sous le contrôle du conseil national, des organismes de coordination.
Il a pour mission de tenir à jour le Tableau des médecins régulièrement en exercice et de veiller à leur qualité et à leur probité. A ce titre, il prononce ou refuse l'inscription des médecins au tableau ; vérifie leur qualification ; contrôle les contrats, le libellé des plaques des médecins et des mentions qui figurent dans les annuaires et sur les ordonnances ; délivre les licences de remplacements ; statue sur certaines demandes d'installation {suite à un remplacment de confrère (art 65) - dans le même immeuble qu'un confrère (art 90) - sur un ou plusieurs lieux d'exercice différents de sa résidence professionnelle habituelle (art 85) }. Il autorise les remplacements ; vérifie la bonne maîtrise de la langue française pour les médecins étrangers.
Le Conseil départemental est également chargé d'une mission de conciliation pour tenter de régler à l'amiable tout litige qui peut opposer un médecin à un ou plusieurs malades, à l'administration, ou à un ou plusieurs autres médecins. Il ne dispose pas d'un pouvoir disciplinaire mais doit transmettre les plaintes qui sont déposées à l'encontre des praticiens de son ressort à la chambre disciplinaire de première instance auprès du Conseil Régional.